合肥市南门小学坐落在合肥市风景秀丽的包河公园之畔，始建于1897年，最初为美国传教士创办的女子服务社，地址在三牌楼北侧原姚家公馆，1917年迁至现在的庐江路校址，1927年初，学校开始男女兼收，更名为安徽合肥私立三育中学。1949年合肥解放后定名为“私立三育小学”。1953年收归公办，经合肥市教育局批准，更名为合肥市南门小学至今。学校于1978年被省教育厅确定为省重点小学，1982年被合肥市政府确定为对外开放学校，1986年被评为全国德育先进学校，1995年被定为合肥市示范学校，1996年被定为省实验学校，2014年被授予全国教育系统先进集体称号。
  2013年5月22日，合肥万科森林公园项目与合肥市南门小学的学区正式签约，同时宣告了南门小学森林城校区的诞生。这所占地达37亩，最终招生规模达48个教学班，总投资5000万元，能让两千多名学生共同享受城区名校教育资源的优质学校。南门小学森林城校区按照“名校办学，专家治校”的办学方略，以本部的管理模式运营，由南门小学从本部委派优秀管理团队到该校进行管理，力争让学校的办学质量在合肥市同类学校中处于领先水平，并努力把学校打造成为省市知名的特色学校，实现“办好一所学校、锻炼一支队伍、辐射一个地区”的目标，从而让优质教育资源的阳光惠及莘莘学子，不仅使他们 “好上学”，更能“上好学”。